Шаров Вадим Витальевич | НОЦ «Центр геномных исследований» СФУ

Научный сотрудник лаборатории лесной геномики СФУ, ассистент кафедры высокопроизводительных вычислений института космических и информационных технологий СФУ

E-mail: vsharov@sfu-kras.ru

Роль в проектах: В рамках проекта «Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации» (договор №14.Y26.31.0004) лаборатории лесной геномики занимается обработкой геномных данных NGS (Next Generation Sequencing), созданием и настройкой программного обеспечения для задач биоинформатики, выполняет поддержку программного окружения геномного вычислительного комплекса.

Звание: аспирант

Специализация: лесная геномика, биоинформатика, высокопроизводительные вычисления (HPC), программирование на языках C/C++, Python, Bash.

Образование:

2014: Диплом инженера по специальности 230105.65 «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем», ИКИТ СФУ, руководитель кандидат технических наук Кузьмин Д.А. Тема «Исследование особенностей реализаций параллельных алгоритмов для гибридных вычислительных архитектур».

2016: Диплом магистра по направлению 09.04.01 «Информатика и вычислительная техника», ИКИТ СФУ, руководитель кандидат технических наук Кузьмин Д.А. Тема «Комплекс параллельной обработки данных, основанный на технологии CUDA».

Научные интересы:

Биоинформатика, алгоритмы обработки больших данных NGS, секвенирование и ассемблирование геномов хвойных, программирование

Профессиональные награды и поощрения:

Диплом за достижения в научно-исследовательской деятельности СФУ. Звание Студент года 2016 в Сибирском федеральном университете

Избранные публикации:

Шаров В.В., Черников С.В. Анализ эффективности решения задачи N-тел на различных вычислительных архитектурах // Седьмая международная научно-практическая конференция «Молодежь и наука: реальность и будущее»: Материалы конференции / Редкол.: Т.Н. Рябченко, Е.И. Бурьянова: в 2 томах. –Т.1 - Невинномысск: НИЭУП, 2014. – с. 47-50.
Шаров В.В., Кузьмин Д.А. Применение гибридной вычислительной архитектуры для изучения свойств электронной структуры высокотемпературных сверхпроводников // Евразийский Союз Ученых (ЕСУ) Ежемесячный научный журнал № 1 (18) / 2015 ISSN 2575-7999 - г.Москва. - с. 98-101.
Krutovsky K.V., Oreshkova N.V., Putintseva Yu.A., Kuzmin D.A., Sharov V.V., Biryukov V.V., Makolov S.V., Deych K.O., Bondar E.I., Ushakova O.A., Ibe A.A., Shilkina E.A.. DE NOVO SEQUENCING OF CONIFER MEGAGENOMES // Материалы 3-й международной конференции "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений” / ИЦиГ СО РАН, ISBN 978-5-91291-022-7, г. Новосибирск, 2015. - с. 28.
Oreshkova N.V., Putintseva Yu.A., Kuzmin D.A., Sharov V.V., Biryukov V.V., Makolov S.V., Deych K.O., Ibe A.A., Shilkina E.A., Krutovsky K.V.,. THE WHOLE DE NOVO GENOME SEQUENCING AND ASSEMBLY OF SIBERIAN LARCH (LARIX SIBIRICA LEDEB.) AND SIBERIAN PINE // Материалы 3-й международной конференции “Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений” / ИЦиГ СО РАН, ISBN 978-5-91291-022-7, г. Новосибирск, 2015. - с. 37.
Putintseva Yu.A., Sharov V.V., Kuzmin D.A., Makolov S.V., Oreshkova N.V., Krutovsky K.V.. CHALLENGES OF ASSEMBLING HUGE CONIFER GENOMES // Материалы 3-й международной конференции “Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений” / ИЦиГ СО РАН, ISBN 978-5-91291-022-7, г. Новосибирск, 2015. - с. 43.
Krutovsky K.V., Oreshkova N.V., Putintseva Yu.A., Kuzmin D.A., Pavlov I.N., Sharov V.V., Biryukov V.V., Makolov S.V., Deych K.O., Bondar E.I., Ushakova O.A., Ibe A.A., Shilkina E.A., Sadovsky M.G., Vaganov E.A.. Pinus sibirica and Larix sibirica whole genome de novo sequencing // ProCoGen final open conference Promoting Conifer Genomic Resources / Orleans, France 2015. page 7.
Белоконь М. М., Политов Д. В., Мудрик Е. А., Полякова Т. А., Шатохина А. В., Белоконь Ю. С., Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Шаров В. В., Кузмин Д. А., Крутовский К. В. Разработка микросателлитных маркеров сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) по результатам полногеномного de novo секвенирования // ГЕНЕТИКА. -2016. -Т.52, №12., г. Москва. -С. 1418–1427. ISSN: 0016-6758
Цыбин А.Н., Шаров В. В., Путинцева Ю.А., Феранчук С.И., Кузьмин Д.А. Параллельный алгоритм фильтрации повторов в данных NGS ILLUMINA //Доклады академии наук высшей школы российской федерации – г. Новосибирск, 2016. –№4 (33). –С. 99–110. doi: 10.17212/1727- 2769-2016-4-99-110
Moskalev A. А., Kudryavtseva A. V., Graphodatsky A.S., Beklemisheva V.R., Serdyukova N. A., Krutovsky K. V., Sharov V. V., Kulakovskiy I. V., Lando A. S., Kasianov A.S., Kuzmin D.A., Putintseva Y.A., Feranchuk S. I., Shaposhnikov M. V., Fraifeld V. E., Toren D., Snezhkina A. V. and Sitnik V. V. De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus // BMC Evolutionary Biology, 2017. -Т. 17. -С. 5-13, ISSN: 1471-2148
Шаров В.В., Путинцева Ю.А., Кузьмин Д.А., Орешкова Н.В., Феранчук С.И., Цыбин А.Н., Маколов С.В., Крутовский К.В Сборка и аннотирование генома лиственницы сибирской // Acta Naturae, Всероссийская конференция с международным участием «Высокопроизводительное секвенированиев геномике», 2017. -Т. 9, №1., г. Новосибирск. -С. 63.
Феранчук С. И., Шаров В. В., Путинцева Ю. А., Кузьмин Д. А., Орешкова Н. В., Крутовский К. В. Функциональная аннотация генома лиственницы как подход к прояснению механизмов формирования важных генетических признаков // Материалы 5-ой Международной конференции-совещания "Сохранение лесных генетических ресурсов", 2017. -С. 225-228.
Oreshkova N. V., Putintseva Y. A.,Sharov V. V., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V. Development of microsatellite genetic markers in Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) based on the de novo whole genome sequencing // Russian Journal of Genetics, 2017, Т.53, № 11. –С. 1194-1199, ISSN 1022-7954.

Авторские свидетельства:

Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию. №2015619381, дата регистрации 01.09.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Цыбин Александр Николаевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович;
Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina. №2015662065, дата регистрации 16.11.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
Программа индексирования геномных последовательностей большого размера методом «FM-index» на графических ускорителях. №2016663584, дата регистрации 13.12.2016 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
Комплекс предобработки ридов NGS. №2017610541, дата регистрации 12.01.2017 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.