Бондар Евгения Ивановна | НОЦ «Центр геномных исследований» СФУ

Участник проекта геномных исследований

Тел.: 8-913-524-9300

Образование:

2012-2016 гг. Бакалавриат, Кафедра биофизики, ИФБиБТ СФУ. Специализация: «биология».
2016-2018 гг. Магистратура "Геномика и биоинформатика", ИФБиБТ СФУ.
2018-2022 гг. Аспирантура "Физиология и биохимия растений", ИФБиБТ СФУ.

Тема выпускной бакалаврской работы: «Сборка, аннотирование и анализ статистических и комбинаторных свойств хлоропластного генома лиственницы сибирской».

Тема магистерской работы: «Разработка микросателлитных маркеров лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе полногеномного de novo секвенирования».

Дополнительное образование:

Стажировка в институте PHIM UMR, Франция, по стипендиальной программе «Остроградский»
Курс «Анализ данных в R», объем 36 часов, ФГАОУ ВО СФУ.
Курс «Подготовка к Кембриджским экзаменам – CAE (C1)», объем 240 часов, ФГАОУ ВО СФУ.
Курс «Learn to read and write science (B1/C1)», объем 112 часов, ФГАОУ ВО СФУ.
Курс «Стратегии написания научного текста на английском языке», объем 16 часов, ФГАОУ ВО СФУ.
Курс «Современные проблемы иммуногенетики», объем 18 часов, ФГАОУ ВО СФУ.
Курс «Участие в научных дискуссиях на английском языке (B2/C1)», объем 72 часа, ФГАОУ ВО СФУ.
Bioinformatics: Life Sciences on Your Computer by Johns Hopkins University. Онлайн курс на сайте coursera.org.
Введение в биоинформатику. Онлайн курс от Санкт Петербургского Государственного Университета. Онлайн курс на сайте coursera.org.
Programming for Everybody, Getting Started with Python by University of Michigan. Онлайн курс на сайте coursera.org.
Python. Онлайн курс на сайте codecademy.com.
Introduction to Genomic Technologies by Johns Hopkins University. Онлайн курс на сайте coursera.org.
Анализ данных в R. Онлайн курс от Института биоинформатики на stepik.org.
Statistics and R by Harvard University. Онлайн курс на edx.org.

Опыт работы:

С 2018 по наст время — мнс лаборатории геномных исследований и биотехнологии ФИЦ КНЦ СО РАН
2017-2020 гг. — инженер в лаборатории научного английского языка ИФБиБТ, ассистент кафедры водных и наземных экосистем ИФБиБТ СФУ.
2014-2018 гг. — исполнитель ВТК по проекту «Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации».

Участие в школах и конференциях:

Выступление с докладом на Международной научной конференции «Молодёжь и наука: проспект Свободный», Красноярск, 2015
Выступление с докладом на 53-ей Международной научной студенческой конференции МНСК-2015, Новосибирск, 2015
Выступление с докладом на международной школе молодых ученых “System biology and Bioinformatics SBB-2015”, Новосибирск, 2015
Участие в Летней школе по биоинформатике, Москва, 2015
Участие в молодежном научном форуме «Гибридные технологии и биомедицинские приложения», Калининград, 2015
Стендовый доклад на международном научном форуме молодых ученых «Наука будущего – наука молоды, Севастополь, 2015
Стендовый доклад на конференции «Биоинформатика регуляции и структуры генома\системная биология BGRS», Новосибирск, 2016
Стендовый доклад на международной школе молодых ученых “System biology and Bioinformatics SBB-2016”, Новосибирск, 2016
Выступление с докладом на 55-ой Международной научной студенческой конференции МНСК-2017, Новосибирск, 2017
Участие в Семинаре по системной биологии, Институт биоинформатики, Санкт-Петербург, 2017
II школа молодых ученых «Проточная цитометрия и молекулярная филогения растений», Барнаул, 2018
11 Международная конференция «Биоинформатика регуляции и структуры генома\системная биология BGRS», Новосибирск, 2018
6 Международная конференция-совещание «Сохранение лесных генетических ресурсов», Щучинск, Казахстан, 2019
Международная конференция американской ассоциации RASA Global 2020, online, 2020
12 Международная конференция «Биоинформатика регуляции и структуры генома\системная биология BGRS», Новосибирск, 2020
6 Международная конференция, “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology” (PlantGen2021), Новосибирск, 2021
BIATA’21: «Bioinformatics: from Algorithms to Applications», Санкт-Петербург, 2021
III Всероссийская конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", Новосибирск, 2022

Публикации и тезисы:

Bondar, E. I., Feranchuk, S. I., Miroshnikova, K. A., Sharov, V. V., Kuzmin, D. A., Oreshkova, N. V., & Krutovsky, K. V. (2022). Annotation of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Nuclear Genome—One of the Most Cold-Resistant Tree Species in the Only Deciduous GENUS in Pinaceae. Plants, 11(15), 2062. https://doi.org/10.3390/plants11152062
Bobrovskikh, A. V., Zubairova, U. S., Bondar, E. I., Lavrekha, V. V., & Doroshkov, A. V. (2022). Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L. International journal of molecular sciences, 23(8), 4455. https://doi.org/10.3390/ijms23084455
Bondar, E. I., Troukhan, M. E., Krutovsky, K. V., & Tatarinova, T. V. (2022). Genome-wide prediction of transcription start sites in conifers. International Journal of Molecular Sciences, 23(3), 1735. https://doi.org/10.3390/ijms23031735
Putintseva, Y. A., Bondar, E. I., Simonov, E. P., Sharov, V. V., Oreshkova, N. V., Kuzmin, D. A., Konstantinov Y. M., Shmakov V.N, Belkov V.I., Sadovsky M.G., Keech O. & Krutovsky, K. V. (2020). Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) mitochondrial genome assembled using both short and long nucleotide sequence reads is currently the largest known mitogenome. BMC genomics, 21(1), 1-12. https://doi.org/10.1186/s12864-020-07061-4
Krutovsky K. V., Y. A. Putintseva, N. V. Oreshkova, E. I. Bondar, V. V. Sharov, D. A. Kuzmin (2019) Postgenomic technologies in practical forestry: development of genome-wide markers for timber origin identification and other applications. Forest Engineering Journal (Лесотехнический журнал)
Bondar, E. I., Putintseva, Y. A., Oreshkova, N. V., & Krutovsky, K. V. (2019). Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) chloroplast genome and development of polymorphic chloroplast markers. BMC bioinformatics, 20(1), 47-52.
Орешкова, Н. В., Бондар, Е. И., Путинцева, Ю. А., Шаров, В. В., Кузьмин, Д. А., & Крутовский, К. В. (2019). Разработка ядерных микросателлитных маркеров с длинными (трех-, четырех-, пяти-и шестинуклеотидными) мотивами для трех видов лиственницы на основе полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.). Генетика, 55(4), 418-425.
Sadovsky, M. G., Bondar, E. I., Putintseva, Y. A., Oreshkova, N. V., Vaganov, E. A., & Krutovsky, K. V. (2015) Seven-Cluster Structure of Larch Chloroplast Genome. Journal of Siberian Federal University. Biology. 8(3). P. 268-277.